расходы на экспедирование

Нет, это внутренние расходы. Указываете только стоимость транспортировки до границы Украины

из письма выходит, что сумма на экспедирование должна включаться к стоимости товара полностью, а транспортные те,что до границы 

Из собственной практики.

С нового года некоторые экспедиторы в своей Справке расписывают расходы так.

Указывают пункт загрузки - пункт таможенного перехода - пункт доставки, с указанием соответствующего километража между ними. 

Расходы от места загрузки и до границы Украины разбивают отдельно на транспортные и экспедиторские.

После границы Украины расходы указываются отной суммой.

Собственно ничего нового, только присутствует более глубокая детализация расходов. 

Часто возим грузы отдним экспедитором, по одному маршруту. Веса грузов тоже примерно одинаковые.

Сопоставляя суммы транспорных затрат из справок прошлого года и года нынешнего могу утверждать,

что и транспортные и экспедиторские затраты в справках от прошлого года тоже присутствовали, только их отдельно не разбивали.