таможенная стоимость со скидкой

Скидка - это просто замечательно ))))  Особенно если не Вы, а Вам ;)

Вот только как мне кажется это должно происходить следующим образом: прописали в спецификации, что предоставляется скидка, указали цены (уже с учётом скидки - окончательные) и эти же цены прописали в инвойсе )))

Замечательно, если поставщик будет играться подобным методом. Большие корпорации не будут вам разбивать, считать, составлять, они выписывают общий счет с обычными ценами (которые забиты в программе, как у нас 1-с), а с общей суммы обнимают скидку, о размере которой вы договорились. И ничего необычного в том нет, если скидка отнимается с общей суммы инвойса. Как пример, закажите на Оболони или Рошене партию товара с скидкой, очень сомневаюсь, что они вам скидку будут разбивать по позициям. 

Поставщиков нужно воспитывать касательно составления документов, т.к. в нашем законодательстве всё намного сложнее чем в Европе например. Наша таможня не понимает что может быть скидка, для них это лишь повод поднять таможенную стоимость. Я уже на этом обожглась, теперь никогда в инвойсах не показываем скидки, все мои поставщики цену указывают с учётом скидки.

Пока переживаете, запросите у поставщика исправленный счёт ))))  А вдруг пригодится, а он у Вас уже есть )))) Желательно номер и дату счёта не менять ;)