кто-то знает какам образом заполнять декларацию ТР ПД совместно с ПП-товарами?

Да, здесь пока есть некая двусмысленность из-за уникальной гарантии. Раньше Вы действительно ставили ее на каждый товар и можно было вести расчет с учетом гарантии по каждому товару. Автомат теперь смотрит графу 52 и предлагает соовтветствующий гарантии способ платежа на каждый товар. Знаю, что сейчас готовится приказ по ПП и ПД, возможно там будет дан ответ на Ваш вопрос.